El edificio
La construcción corresponde con el llamado «primitivo templo parroquial sevillano» o «iglesia mudéjar«: tres naves de diferente anchura, con arcos paralelos a su eje y Capilla Mayor ojival, abierta por un gran arco apuntado. Su construcción es, aunque en menor tamaño, muy similar a la iglesia sevillana de Santa Marina (S.XIV).
La Capilla Mayor
Realizada en piedra (S.XIV), de estilo gótico internacional.
Sirve de Camarín a la Virgen, y se eleva del resto de la iglesia, mediante un prebisterio, decorado en su frente con azulejos del s. XVII, que repiten águilas bicéfalas y sinóptico María esclava.
Las Naves Laterales
La cabecera de la nave de la epístola esta conformada por una capilla gótica, muy antigua, tal vez remota cuba islámica, que debió ser cabecera de la primitiva Parroquia de Santa María, de una sola nave. Su bóveda de crucería se protege con cúpula semiesférica, visible desde el exterior, siendo sus esquinas de cantería. En ella se encuentra la referida pintura gótica ejecutada al fresco (S. XV) en estilo mixto; el haber estado oculta durante muchos siglos tras el antiguo altar de Santa Ana, ha permitido que llegue a nuestro días sin repintes, retoques ni restauraciones.
Ha sido restaurada y consolidada por la Dirección General de Bienes Culturales de la Junta de Andalucía, y representa a San Mateo (Patrón de la Ciudad) entregando su evangelio a Santiago (Patrón de España). Actualmente está resguardada por una reja que cerraba el anterior prebisterio, que a su vez procede del antiguo Convento de San Juan de Dios.
En la cabecera de la nave del evangelio, se ubica el altar de San Mateo, tallado en cedro en estilo renacentista ejecutado en el ultimo tercio del siglo XVIII. La imagen es obra de Pineda Calderón. Hay también una capilla exenta, tardogótica con bóveda de crucería y almenas mudéjares en exterior, separada de la Iglesia por una magnífica verja de hierro. Esta Capilla, hoy Sala Capitular, fue labrada por Diego Martínez de Coria en 1525. La reja nos informa del enterramiento de Fernández Clérigo y familiares. Año 1616. Bajo ella existen dos criptas abovedadas. Además de servir de enterramiento a sus patronos, en ella se instalaba el Monumento al Santísimo. En la actualidad es Sala Capitular donde se exponen en tres magnificas vitrinas de caoba, el paso y el manto procesional de la Stma. Virgen, la antigua Cruz Parroquial, estandarte de la Hermandad, Guión de la Coronación, faroles de guía y ciriales. Desde esta capilla se accede al columbario de la Hermandad.
El muro norte que cierra la nave del evangelio es de tapial, y en el se abren tres puertas: acceso a sacristía, lampadario y casa del santero; y una gran ventana ojival con vidrieras donde se advierte el escudo de la ciudad y la leyenda “Alcalá me reconstruyó 1964” .
Las tres naves tienen solería de mármol, y zócalos de color crema. Se cubren con una techumbre incombustible decorada con azulejos vidriados, en genial solución del perito Don Luis Álvarez Selma. Del techo pende una gran lámpara de estilo español, forja de González Navarro.
La Torre
La torre, antiguo alminar de la mezquita, construcción exenta, con aristas de cantería y escalera interior de tambor, comprende tres fases constructivas.
- La inicial, corresponde a los primeros ocho metros y que data del s. IX.
- La segunda, construida con mayor perfección, hasta la planta de campanas, es almohade (XIII), con una cantería más fina y uniforme, igualmente alzada a soga y tizón.
- El último cuerpo es mudéjar, de ladrillo, con evidente impronta musulmana, se corona con almenas mudéjares escalonadas, alzado para sustentar las campanas que el culto cristiano requería. Estas campanas se llaman Santa María, que mira al templo; San Mateo, hacía Alcalá; San Miguel, al arrabal; y San Fernando, a Sevilla.
Mide 28 metros de altura por cuatro metros de lado en la base, siendo visible desde muchos kilómetros a la redonda.
Sobre ella ondea el pendón celeste y blanco de la Virgen.